Полиеновый противогрибковый антибиотик. Обладает противогрибковой (фунгистатической и фунгицидной) активностью. Имеет в структуре большое количество двойных связей, обуславливающих высокую тропность вещества к стериновым образованиям цитоплазматической мембраны грибов. В последствие этого молекула встраивается в мембрану клетки с образованием множества каналов, способствующих неконтролируемому транспорту воды, электролитов и неэлектролитов. Клетка теряет устойчивость к воздействию внешних осмотических сил и лизируется. Резистентность развивается очень медленно.
Активен в отношении дрожжеподобных грибов рода Candida и аспергиллы. Оказывает фунгистатическое, а в больших дозах - фунгицидное действие. Толерантность к нистатину чувствительных грибов развивается очень мало.