Как и другие нитрофураны, нифуроксазид блокирует некоторые, окислительно-восстановительные ферментные реакции в клетках микроорганизмов. При применении в терапевтических дозах оказывает бактериостатическое действие в высоких дозах - бактерицидное. Высоко активен в отношении Campylobacter jejuni, Escherichia coli, Salmonella spp, Shigella spp; Clostridium perfringens, Vibrio cholerae, патогенных Vibrions и Vibrio parahaemolytique, Staphylococcus spp.
Слабо чувствительны к нифуроксазиду: Citrobacter spp, Enterobacter cloacae и Proteus indologenes. Резистентны к нифуроксазиду: Klebsiella spp, Proteus mirabilis, Providencia spp., Pseudomonas spp.
He влияет на сапрофитную флору (не вызывает дисбактериоза). Резистентность микроорганизмов к препарату не развивается.