Трава чистотела содержит алкалоиды изохинолинового ряда (коптизин, хелидонин, хелеритрин, сангвинарин и др.); органические кислоты (хелидоновая, лимонная, яблочная, янтарная); сапонины; флавоноиды; витамины А, С (до1700 мг/100 г); фенолкарбоновые кислоты (п-кумаровая, кофейная, феруловая); дубильные вещества (галловая кислота); стероиды (альфаспинастерин, следы эргостерола), фитонциды; эфирное масло и другие биологически активные вещества.
Настой травы чистотела оказывает местное противовоспалительное действие.